SWATH Acquisition 뉴스

SWATH Acquisition

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프로테오믹스 응용을 위한 Data Independent Acquisition

스위스 취리히의 연구자들은 고품질 정량을 위해  SWATH™ Acquisition을 사용하여 매우 복잡한 시료에서 단백질층 변화를 확인하는 방법을 제시합니다.

Researchers in Zurich present a method for determining protein fold change.



"Nature Methods" 매거진에 SWATH을 기반으로 한 두 가지 연구 소개(2013년 11월)

Nature Methods 11월호에 정제(Affinity Purification)와 결합된 SWATH Acquisition의 능력을 보여주는 기사 2개가 실렸습니다. 결과는 단백질 복합 상호 작용 네트워크에서 동적 변화를 정량하는 효과적인 도구이며, 이는 암 돌연변이, 당뇨병 및 많은 질병을 대상으로 하는 치료 방법을 식별하는 데 중요합니다.

캐나다 토론토 대학의 연구에서 SWATH는 흑색종의 단백질 네트워크 추적 변화와 관련된 시스템 생물학(System Biology) 연구에 대한 확장 가능한 파이프라인을 제공했습니다. 스위스 취리히 연방 공과 대학의 연구에서는 SWATH를 사용하여 15가지 서로 다른 시료에서 약 2000개의 단백질을 정량하여 인슐린 경로를 효과적으로 파악했습니다.

두 연구 모두 참여한 Ruedi Aebersold 박사(ETH, 취리히)는 ProteoMonitor에 "SWATH 같은 DIA 방식을 사용하면 Shotgun Method와 비교하여 더 나은 다이나믹 레인지 및 정확도로 많은 단백질에서 단백질 복합물을 추적할 수 있습니다."라고 말했습니다.

각 연구는 AB SCIEX 5600 TripleTOF® 시스템으로 진행됐습니다. 논문 요약집은 아래에 있습니다.

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SWATH로 단백질 상호 역학 정량 : 14-3-3 시스템에 응용

Ben C. Collins, Ludovic C. Gillet, George Rosenberger, Hannes L. Röst, Anton Vichalkovski, Matthias Gstaiger, Ruedi Aebersold

본질적으로 동적인 생물학적 프로세스를 보다 잘 이해하려면 단백질 상호 네트워크의 일시적 변화를 안정적으로 정량하는 방식이 필수적입니다. 더 보기 >

 

질량 분석기로 Data Independent Acquisition과 더불어 정제(Affinity Purification)에 의한 다른 상호 작용 매핑

Jean-Philippe Lambert, Gordana Ivosev, Amber L. Couzens, Brett Larsen, Mikko Taipale, Zhen-Yuan Lin,Quan Zhong, Susan Lindquist, Marc Vidal, Ruedi Aebersold, Tony Pawson, Ron Bonner, Stephen Tate, Anne-Claude Gingras

단백질과 단백질 상호 작용에서 변화를 특성화하는 것은 단백질 복합물이 어떻게 만들어지며, 또 어떻게 국지화되고 규제되는지 이해하는 데 중요합니다. 하지만 상호 작용 변화를 모니터링하려면 비용과 시간이 주요 고려 사항인 대규모 연구에 필요한 강력하고 민감한 정량 접근 방식을 개발해야 합니다.

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HUPO 2013 Yokohama, JapanHUPO 2013 Yokohama, Japan

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HUPO 2013에서 가장 큰 관심의 대상이 된 SWATH

도쿄 - HUPO '13 Science and TechnologyAward 수상자인 AB SCIEX의 Christie Hunter 박사는 대상 프로테오믹스의 10년 발전을 회고하는 "The Evolution of Targeted Proteomics, from Art Form to Assay"를 발표했습니다. 그녀는 질량 분석기의 주요 진척은 MS 및 MS/MS와 같은 비대상 분석 방식과 사실 상 표준이 된 MRM 및 MS/MS와 같은 대상 방식 사이의 시너지 효과가 질량 분석기의 주요 진척이라고 말합니다.    더 보기 >